水运工程分院主要从事航道、港口、水运（利）枢纽、通航建筑物、修造船厂、水上交通管制、路桥等工程的咨询、勘测、设计工作，还可承接建设工程后评价、河流通航论证、水文分析等相关咨询工作，拥有建设部颁发的水运工程全行业甲级设计、咨询资质。

　　目前，基本形成了一支结构合理、专业配套、门类齐全、储备充足的水运人才队伍。现有各类技术人员80人，其中高级工程师28人，工程师44人，硕士研究生25人，有土木、咨询、造价、电气、岩土、结构等各类注册设计人员36人。分院涉及的专业包括港口与航道、水工结构、水利水电、机械与金属结构、电气自动化、道路与桥梁、水运经济、水力学及河流动力学、测量工程、环境工程等10大类。并与高校联合开发了“航道整治工程综合设计软件”、“高桩码头计算系统”等辅助设计软件，拥有测深仪、全站仪、GPS全球定位系统等先进勘测设备。

　　经过多年的经验积累，分院具有“游荡性河流整治理论和技术”、“平原砂质河床航道整治建筑物新结构、新材料的应用”、“水库库尾航道整治理论和技术”、“水工建筑物软基处理”、“高水头船闸设计”和“航道测量自动化技术”等专长，其在汉江上总结出的游荡性河流整治技术处于国际先进水平。本着“精细设计、现代管理、优质服务”的设计服务理念，赢得了国内外广大客户的好评。目前，水运工程分院市场领域涉及湖北、河南、山东、江苏、广东等省份，并积极开拓亚洲、南美、非洲国外市场，承担了汉江崔家营航电枢纽、南水北调中线一期工程引江济汉通航工程及汉江中下游局部航道整治工程、汉江白河至丹江口段航道整治工程等结构复杂、技术难度大的项目，多次获得国家及省部级各种奖项，分院多次荣获交通系统及全湖北省“最佳文明单位”、“青年文明号”等荣誉称号。