湖北省交通规划设计院机关内设7个职能部门：院办公室、党委办公室、人力资源部、生产经营部、财务审计部、科技质量信息部、工会；设置10个生产部门：总工办/审核咨询室、第一勘察设计室、第二勘察设计室、第三勘察设计室、水运工程分院、第五勘察设计室、交通工程室、第七勘察设计室、岩土工程分院、测试中心；设置2个辅助生产部门：图文中心、车队；设置下属5个子公司：监理公司、工程公司(第八勘察设计室)、桥梁加固设计室、华通项目管理公司、服务公司。